Ważne zmiany w kontroli podatkowej i celno-skarbowej od 1 października 2025 r.

Monika Bilska

1 października 2025 r. wejdą w życie istotne zmiany w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawie o podatku od towarów i usług.

Celem nowelizacji jest nie tylko uporządkowanie dotychczasowych przepisów dotyczących składania deklaracji i korekt, ale także wyeliminowanie wielu wątpliwości interpretacyjnych, które pojawiały się w praktyce podczas kontroli celno-skarbowych.

Co się zmieni?

1. Możliwość złożenia „pierwotnej” deklaracji po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej

Na gruncie dotychczas obowiązujących przepisów istniały istotne wątpliwości co do możliwości skutecznego złożenia „pierwotnej” deklaracji w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową po doręczeniu upoważnienia do kontroli celno-skarbowej, a także po doręczeniu wyniku kontroli celno-skarbowej.

Literalne brzmienie tych przepisów wskazywało bowiem na to, że w tych przypadkach podatnik może złożyć jedynie skorygowaną deklarację.

W celu wyeliminowania tych wątpliwości, ustawodawca zdecydował się na określenie w sposób wyraźny uprawnienia kontrolowanego do złożenia „pierwotnej” deklaracji w terminie 14 dni od otrzymania upoważnienia do przeprowadzenia kontroli oraz od otrzymania wyniku kontroli.

Rozwiązanie to pozwoli kontrolowanemu na uiszczenie zobowiązania podatkowego wynikającego z „pierwotnej” deklaracji, co doprowadzi do nienaliczania dalszych odsetek za zwłokę od tego zobowiązania. Ponadto, w przypadku złożenia deklaracji „pierwotnej” w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia tej kontroli i jej uwzględnienia przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, kontrola ta zostanie zakończona.

2. Możliwość częściowego uznania ustaleń kontroli celno-skarbowej

Aktualnie obowiązujące przepisy ustawy o KAS przewidują możliwość złożenia korekty deklaracji uwzględniającej całość nieprawidłowości stwierdzonych w wyniku kontroli. Brak jest natomiast możliwości skutecznego skorygowania deklaracji tylko w odniesieniu do części tych nieprawidłowości. Jeżeli zatem kontrolowany zgadza się z ustaleniami kontroli wyłącznie w części – może albo:

• skorygować całość rozliczeń – co w praktyce oznacza akceptację również tych ustaleń kontroli, z którymi podatnik się nie zgadza,
• zrezygnować z korekty – co prowadzi do przekształcenia kontroli w postępowanie podatkowe, którego przedmiotem jest całość zobowiązania podatkowego będącego przedmiotem tej kontroli.

Znowelizowane przepisy wprowadzają możliwość złożenia przez podatnika deklaracji lub skorygowania złożonej uprzednio deklaracji  wyłącznie w zakresie części nieprawidłowości stwierdzonych w wyniku kontroli celno-skarbowej.

Jeżeli podatnik złoży deklarację lub korektę deklaracji w zakresie części nieprawidłowości stwierdzonych podczas kontroli celno- skarbowej – postępowanie podatkowe zostanie ograniczone tylko do kwestii spornych, a nie do całości zobowiązania. Rozwiązanie to powinno zmniejszyć skalę sporów znacząco przyspieszyć finalizację sprawy.

3. Korzystniejsze zasady ustalania dodatkowego zobowiązania podatkowego w VAT

Zmiany w ustawie o KAS wywierają korzystny skutek finansowy dla kontrolowanego również na gruncie VAT. Umożliwiają one bowiem ustalenie stawki dodatkowego zobowiązania podatkowego na obniżonym poziomie – do 15% – również w przypadku złożenia przez kontrolowanego „pierwotnej” deklaracji.

Wpływ na działalność podmiotów

Nowelizacja przepisów to zdecydowany krok w kierunku zwiększenia przejrzystości i elastyczności w relacjach podatnik–organ podatkowy. Wprowadzone zmiany oznaczają przede wszystkim:

• Większą swobodę i pewność prawną – podatnicy zyskują jasne prawo do złożenia „pierwotnej” deklaracji na etapie kontroli lub po jej zakończeniu, co dotąd budziło poważne wątpliwości i często skutkowało ryzykiem sporu z organem.
• Możliwość ograniczenia sporu – podatnik może teraz wyjść naprzeciw ustaleniom kontroli tylko w zakresie, z którym faktycznie się zgadza. Dzięki temu ewentualne postępowanie podatkowe obejmie jedynie kwestie sporne, a nie całe zobowiązanie, co oznacza szybsze rozstrzygnięcie sprawy i niższe koszty.
• Korzystniejsze rozliczenia w VAT – szybka reakcja podatnika i złożenie „pierwotnej” deklaracji pozwala skorzystać z preferencyjnej, obniżonej stawki dodatkowego zobowiązania podatkowego (do 15%), co w praktyce zmniejsza ryzyko poważnych sankcji finansowych.

***

Jeżeli masz pytania dotyczące nowelizacji przepisów – zapraszamy do kontaktu z naszym zespołem. Wspieramy naszych klientów w zakresie prawa podatkowego na każdym etapie prowadzenia działalności.